Что такое докинг – докинг — Викисловарь

Содержание

докинг — Викисловарь

В Википедии есть страница «докинг».

Содержание

  • 1 Русский
    • 1.1 Морфологические и синтаксические свойства
    • 1.2 Произношение
    • 1.3 Семантические свойства
      • 1.3.1 Значение
      • 1.3.2 Синонимы
      • 1.3.3 Антонимы
      • 1.3.4 Гиперонимы
      • 1.3.5 Гипонимы
    • 1.4 Родственные слова
    • 1.5 Этимология
    • 1.6 Фразеологизмы и устойчивые сочетания
    • 1.7 Перевод
    • 1.8 Анаграммы
    • 1.9 Библиография

Морфологические и синтаксические свойства[править]

падеж ед. ч. мн. ч.
Им. до́кинг до́кинги
Р. до́кинга до́кингов
Д. до́кингу до́кингам
В. до́кинг до́кинги
Тв. до́кингом до́кингами
Пр. до́кинге до́кингах

докинг

Существительное, неодушевлённое, мужской род, 2-е склонение (тип склонения 3a по

ru.wiktionary.org

Главная

Алексей, Нижний Новгород, руководитель отдела (ДМ)

6-13.06.16

"Для меня время прохождения этапов от ДС до ДМ составило неполных 3 года. Все начиналось как игра. Уволившись из ВС РФ на пенсию, решил, что жизнь только начинается и начал новую жизнь вместе с Докингом. Думал, что сейчас получу волшебную таблетку, которая переместит меня на НСУ. Вначале все шло отлично! Выполнял домашние задания, строил планы на будущее, писал планы на день...Наверное, в это время и происходили какие-то изменения, но точно не во мне. Чем дальше, тем больше угасал мой запал. Стали проявляться внутренние конфликты, которые я очень долго не хотел в себе замечать. Чтобы двигаться дальше, приходилось себя заставлять. Шел вперед не потому, что хотелось, а потому, что надо... Постепенно понял, что так нельзя. Решил, что больше ничего не буду делать через силу...И перестал вообще все делать... Стал разбираться со своими конфликтами. Оказалось, что не так-то это и просто. Как же, я же считал, что у меня все отлично, это просто обстоятельства так складываются... Да...Вначале было больно... Было такое ощущение, что вот уже оно — дно, ан нет, каким-то образом падал еще ниже. Но за помощью не обращался. Я сам! Я же все знаю! Еще ниже...Все равно сам! В конце концов понял, что сам себя обманываю...Хочу одно, делаю другое, в результате получаю третье. Помогли друзья, которые к этому времени уже стали магистрами, Круг Души, вовремя подоспели вебинары. Потихоньку стало приходить ощущение, что я как будто оттаиваю. Стал замечать свои шаблоны поведения, изменять их.

В первый месяц после ДФ тянуло вперед с огромной силой. Было ощущение, что я попал в замедленное кино — люди долго соображали, долго принимали решения... Потом я к этому привык и стал использовать шарики и программы. И впервые я стал получать радость от своих действий. ХОЧУ-ДЕЛАЮ-РАДУЮСЬ.
Сейчас, оглядываясь назад, я понимаю, что Докинг — это самое увлекательное путешествие — путешествие внутрь себя. И здорово, что ДМ это не конец пути, а один из его этапов."

Прирост 242%

Александр, Санкт-Петербург, системный администратор (ДМ)

26.09-2.10.15

"Чудесные события и изменения в жизни начались именно после Докинг-Форсажа. ДФ позволил мне определиться с целями,отсеять все лишнее, выделить желаемое, важное. На следующий день, после тренинга, я успешно прошел интервью и устроился на работу в Санкт-Петербурге. 25 Января я переехал в Питер. В марте я выполнил свой докинг"

Прирост 220%

Ольга, Санкт-Петербург, художник (ДМ)

1-8.04.2015

"Как ни странно, на ДМ вышла благодаря решению, что никогда больше не буду работать ни на кого то, ни на себя. Мне можно только трудиться по мере прихода настроения и вдохновения, а подробности в отчете ДС-ДМ. Счастья вам, благополучия, красоты и богатства во всех смыслах!"

Прирост 1775%

Акбота, Кокшетау, бухгалтер (ДМ)

5-11.10.14

"Такое ощущение, что жизнь только началась ))) Вы знаете какие Вы классные!!! Суперские!!! «Мы отзовёмся из-за грани» — это Вы!!! Наверное, не было дня, чтобы Я не вспоминала о Вас..и даже во сне, Вы приходили на помощь. В трудных ситуациях, Вы были рядом и поддерживали.. многие препятствия Я преодолевала с Вами.. Вы — то окружение, за которым хочется бежать/догнать!"

Прирост 1138,75%

 

Нина, Москва, пенсионер (ДТ)

20-25.08.14

"Не знала, чем заняться, но после ДА неожиданно появилось направление «специализм». Оказалось, что у меня хорошая теоретическая база и приличный опыт работы.
С большим азартом и страстью я теперь занимаюсь деньгами. Я только сейчас поняла, насколько действенны методы ДЭИР.
Молодцы наши преподаватели. Понравилось проведение ДА, все четко по деловому. Мне в дальнейшей моей работе очень помогло то, что было затребовано письменное согласие и подтверждение того, что слушатель будет строго следовать всем указаниям."

Прирост 1078%

Валентина, Челябинск, менеджер (ДМ)

25.11-05.12.13

"Было ощущение того, что я еду в очень мощном паровозе, с небольшой скоростью, но уверена точно: мой паровоз пройдет везде, где мне необходимо. Это ощущение до сих пор не покидает меня. События в моей жизни выстроились словно в последовательную очередь, одно событие сразу сменяет другое не менее важное, затем третье и т.д Результаты приводили меня в восторг. Мои коллеги по работе стали замечать мои успехи, некоторые из них говорили мне: «У тебя очень удачный год». Конечно удачный, ведь в Докинг я пришла 25 ноября 2013 г., а Магистериум у меня будет проходить 25 ноября 2013 года.
Желаю не останавливаться на ДМ, а продолжить этот замечательный и нужный людям проект. Он действительно работает. Чувствуется необходимость в дальнейшем продолжении проекта Докинг. Он очень мне помог продвинуться вперед и стать на порядок выше, чем раньше."

Прирост 820%

 

Галина, Ульяновск, ИП (ДМ)

27.09-4.10.13

"Да! у меня раскрылись глаза на многие события! Появился интерес к материальным благам, статусу, собранность, понимание людей и их побуждения. ДС дал мне импульс идей, желаний, возможностей.

На ДА раскрылись глаза на окружающий мир, деньги можно делать из всего. Появились новые идеи, новые желания, но трудно было сдвинуть физику. На ДТ начались реальные чудеса. Научилась понимать людей через типирование, мне стало легче находить общий язык с ними.
ДФ помог удержаться на уровне дохода, который я определила. Научилась отстаивать свои позиции, понимать вкус потока удовольствий от траты денег, а они возвращаются ко мне в три раза больше.
На ДМ ставлю более глобальные цели. Спасибо всем)

Прирост 816%

Александра, экономист, Екатеринбург (ДФ)

24-25.08.13

"После ДТ я прямо влетела в личную жизнь. Так быстро я ещё никогда не получала предложение руки и сердца. Видимо давно фрустрировал драйв)))
Деньги, как-то сами собой появлялись, за ту же самую работу, но в 2 раза больше. Наибольшие изменения происходят в сфере взаимодействия. Не скажу, что гладко, но изменения в лучшую сторону. За период нахождения в Докинге удалось купить квартиру. Кроме, как «чудом Докинга», ничем объяснить не могу.

Поражает скорость изменений, темп жизни. К своему сожалению, к выполнению дом.задания отнеслась спустя рукава. Исправлюсь.
СПАСИБО, СПАСИБО, СПАСИБО за проект. Благодарность от всей Души!!!"

Прирост 250%

 

Полина, Черепаново, инженер (ДТ)

5-11.07.13   

"Ощутила высокий эмоциональный подъем, стало легче творить что-то новое для себя и для мира, познакомилась с очень интересными, доброжелательными, деятельными и обеспеченными людьми, но тратящими намного больше сил и энергии при выполнении приблизительно той же самой задачи, поставленной перед собой. Сравниваю как лечу на самолете, а раньше пешком ходила, или стирка вручную или на машинке — автомат. Новый взгляд на многие вещи открылся."

Прирост 763%

Юлия, дизайнер интерьера, Москва (ДФ)

20-21.07.13    

"Проект просто «насильно» прививает привычку все время двигаться к цели — это супер!
Я всегда добивалась поставленных целей, но на это у меня уходили годы! А за это время я настолько продвинулась, что даже не представляла, что в таком темпе и так продуктивно это можно сделать за короткое время.

Гениально все в комплексе (хотя я всему сначала сопротивлялась, не очень хотела принимать!) и расчистка завалов, и упражнения с зеркалом, и прогулки, и копилка, и учет доходов, и планы на каждый день, и штрафы!!!!
Короче докинг это супер!!! Спасибо огромное!"

Прирост 185%

 

Жанна, Кировоград, организатор (ДТ)

9-14.03.13   

Проект «Докинг» — это уникальная система с неограниченными возможностями, настолько, насколько расширено сознание человека и его готовность меняться в выбранном направлении.
Ощущение мощной внутренней перестройки, стабильный рост, изменение восприятия окружающего Мира и при этом логика, системность и простота выполняемых заданий — восхищает!!! Меняется всё, от привычек до смысла жизни !!! Хочется всего и много, и не в мечтах, а в готовности действовать на результат!!!
Выражаю огромную благодарность и низкий поклон Кириллу Валентиновичу Титову и преподавательскому составу за труды, организаторам за своевременную помощь и комфорт. Желаю бесконечного множества благодарных миллионеров и новых идей!!!

Прирост 75%

Екатерина, СПб, директор (ДМ)

30.01.13    

"Много поменялось в сознании, страхи, которые удерживали от конкретных действий несколько лет – теперь приводят в недоумение, почему я так долго не действовала. Спасибо за Докинг, жизнь меняется, интересы и возможности расширяются, уже не понятно как мы жили раньше!"

Прирост 230%

 

Вадим, Ростов-на-Дону, служащий (ДМ)

05.12.12   

"Желаю, чтобы проект Докинг развивался.Чтобы в нем участвовало много людей, которые добивались бы результатов, чтобы жизнь становилась ярче и разнообразнее. Техники Докинга действительно имеют революционное направление. Выражаю благодарность Кириллу Валентиновичу, а также всем кто принимает участие в данном проекте. Новых достижений много радости и денег."

Прирост 377%

Лариса, Кисловодск, экономист (ДМ)

05.12.12    

"Стало понятно, что есть система, используя которую получаешь результат. Ощущение своего внутреннего я, сосредоточенного на получении результатов,на самых маленьких деталях при движении к большой мечте. Ощущение уверенности, понимание и содействие всего окружающего мира. Даже создавшиеся заторы решаются и есть ощущение победы . Я это могу!!! Огромная благодарность (возрастает еще больше, с каждым шагом вперед) за полученную возможность конструктивно понять жизнь свою и ближайшего окружения.Спасибо!"

Прирост 222%

 

Елена, Москва, бухгалтер (ДМ)

05.12.12   

"За все время прохождение программы Докинга я не только повысила свое благосостояние, но и сама очень изменилась в положительную сторону. Я искренне благодарна за знания, возможности развития и помощь в достижении результата, которую я получила все 8 месяцев. Я желаю успехов в развитии программы, она стоит того, чтобы ее пройти!"

Прирост 112%

Сергей, Москва, бизнес-консультант (ДФ)

23.09.12    

"Вообще, весь проект «Докинг» - это серия «волшебных пенделей», очень стимулирует для продвижения и не дает расслабляться. Каждая ступень – это очередная серия инсайтов. Жду от ДФ новых открытий. Спасибо ТКВ!!!"

Прирост 270%

 

Ирина, Омск, руководитель в сфере недвижимости (ДФ)

19.09.12   

"Программа Докинг - это шанс, который я не предполагала до настоящего времени получить нигде. Барахтаешься сам в этой жизни, выстраиваешь логическую цепочку – что за чем происходит, ищешь возможные варианты..., а выглядит это, как в ситуации с застрявшей машиной на бездорожье с последующими вытекающими событиями. То, чему учит Докинг, т.е. другой системе жизни, в которой ты реально можешь чего то добиться – имеет огромное значение для реального перехода на новый социальный уровень, это, как дорога с четким вектором направляющим к цели. Ну, а нам остается учится - действовать, отрабатывать, сживаться, привыкать, получать удовольствие, что собственно и происходит."

Прирост 90%

Евгений, Омск, предпринимател (ДФ)

19.09.12    

"Неожиданно отошёл от основного вида деятельности. Ощутил приоритетность перехода от общего к частному. Начал развивать это направление. Много было вложено сил ,энергии и времени, но это принесло свои плоды. Желаемый результат был достигнут"

Прирост 100%

 

Анна, предприниматель, Белгород (ДФ)

11.08.12   

"Очень классно с определением ХСДВ. Отключение ранговости очень здорово выручает. Совсем поменялся круг друзей. В друзьях объявились люди из нов.соц.слоя. В друзьях уже имеются рублевые миллионеры."

Прирост 426%

Елена, бухгалтер, Москва (ДФ)

11.08.12    

"Результаты работы дались без особого напряжения. Что позволило увидеть внешний мир, проанализировать происходящее. Наступил в жизни комфорт, жить стало интересно. Общение с людьми через новые знания позволило увидеть многогранность. Ощущение гармоничного, объемного восприятия жизни."

Прирост 146%

 

Наталья, педагог, Санкт-Петербуг (ДФ)

11.08.12   

"Очень понравилось, что это был выездной тренинг, потому что удалось абстрагироваться от привычного окружения и течения жизни. Огромный объём информации усвоился легко. Усталость была приятной, сопровождаемой общим подъёмом сил. Очень давно работаю в сфере продаж. Знаю и типирую клиентов по нескольким классификациям: типам темперамента, каналам восприятия… Но ХСДВ–типирование - открытие. Используя эту классификацию, стало легче подбирать нужные слова. Спасибо!"

Прирост 73%

Ольга, менеджер, Санкт-Петербург (ДФ)

11.08.12    

"Повысился уровень энергии, мощно несет потоком позитивных изменений. Поменяла работу легко, меня просто вышибло из одной компании и внесло потоком в другую. Доход повысился минимум в два раза. Жизнь стала очень интересной, поставила себе внутренне задачу-установку, следующий этап пройду легко!"

Прирост 70%

 

Наталья, предприниматель, Москва.

07.04.2012   

"Планирование и тайминг - хорошая вещь! Заставила всех работников вести тайминг, заставила - не то слово... попросила помочь мне выявить резервы для увеличения прибыли. Сказала, что в мои планы входит увеличение прибыли как минимум на 200%, и что настолько же возрастут их заработки в виде премии. Народ меня поддержал. Сейчас тайминг ведут 50% коллектива."

Увеличение дохода на 200%.

Екатерина, менеджер, Москва.

10.03.2012    

"Сумасшедшая работоспособность, прирост дохода на 105% сделала за неделю, повысилась организованность. Здорово!"

Увеличение дохода на 125%.

 

Людмила, предприниматель, Тюмень.

25.02.2012   

"Поняла, что есть большие внутренние резервы, что источников дохода гораздо больше, чем предполагала. Поняла, что мне надо больше верить в себя и свои возможности, необходимо убрать все внутренние препятствия, использовать больше творческого и нестандартного подхода к решению любых вопросов."

Увеличение дохода на 105%.

Наталья, художник, Москва.

10.03.2012    

"Мир поддерживает, подсказывает. Ощущаю направление движения к новому социальному уровню. Считаю, что все получится. Что удивительно - стала больше тратить деньги. Докинг возник вовремя! Восхищена Титовым К.В., он - талант!"

Увеличение дохода на 92%.

 

Ирина, специалист по страхованию, Санкт-Петербург.

07.04.2012   

"Я рада, что жизнь предоставила мне возможность участия в проект Докинг. Верю, что впереди меня ждут ошеломляющие результаты! За прошедший месяц путем повышения процента "включения" в работу, уровень доходов существенно увеличился. Но что интересно, появились мысли искать другой способ для зарабатывания денег - более радостный и легкий."

Увеличение дохода на 83%.

Николай, инженер, Москва.

10.03.2012    

"Нашел несколько серьезных ошибок в своей деятельности. Общий позитивный фон ощущал весь месяц. Стал эффективнее планировать доход. Могу только похвалить проект: новое понимание денег и желание их заработать, четкая и доходчивая подача информации, ломающиеся стереотипы.'"

Увеличение дохода на 53%.

 

Глеб, провизор, Пятигорск.

10.03.2012   

"Понял главную причину желания больших денег. Увидел новые пути развития. Получил большую цель. Запустил новый бизнес. От всей души хочу поблагодарить автора проекта. Семинар как-будто сносит внутренние стенки в сознании, расширяя мышление."

Увеличение дохода на 50%.

Елена, администратор, Москва.

07.04.2012    

"Желание + Сильная мотивация + Уникальные упражнения Докинга творят чудеса!!! Упорно шла к цели, применяя другие ранее приобретенные навыки ДЭИР и свершилось чудо! Вдохновилась тем, что можно не останавливаться на достигнутом."

Увеличение дохода на 46%.

 

doking.ru

Молекулярный докинг - это... Что такое Молекулярный докинг?

Схематическая диаграмма иллюстрирующая докинг малой молекулы лиганд (синяя) с белковым рецептором (красная). Малая молекула стыкуется с белком.

Молекулярный докинг (или молекулярная стыковка) — это метод молекулярного моделирования, который позволяет предсказать наиболее выгодную для образования устойчивого комплекса ориентацию и положение одной молекулы по отношению к другой.

Сферы применения

Комплексы таких биологически значимых молекул как белки, нуклеиновые кислоты, углеводы и липиды играют ключевую роль в передаче химического сигнала. К тому же, относительная ориентация двух взаимодействующих молекул может влиять на тип произведённого сигнала (будет он ингибирующим или каталитическим). Поэтому стыковка важна для предсказания как типа, так и силы производимого сигнала.

Стыковка часто используется для предсказания аффинности и активности небольшой молекулы лекарства по отношению к белку-мишени. Таким образом стыковка молекул играет важную роль в дизайне лекарственных препаратов.

Подходы к моделированию докинга

Существуют два подхода при моделировании докинга (стыковки). Один подход использует технику соответствия, которая описывает белок и лиганд как дополнительные поверхности[1][2]. Второй подход моделирует фактический процесс стыковки, в котором вычисляются попарные энергии взаимодействия[3]. У обоих подходов есть существенные преимущества, а также некоторые ограничения.

Взаимозависимость формы

Геометрическое соответствие (методы взаимозависимости формы) описывается для белка и лиганда как ряд особенностей, которые позволяют их стыковать[4]. Эти особенности могут включать как саму молекулярную поверхность, так и описание дополнительных особенностей поверхности. В этом случае молекулярная поверхность рецептора описывается с точки зрения ее доступности площади поверхности для растворителя, а молекулярная поверхность лиганда описывается с точки зрения ее соответствия описанию поверхности рецептора. Взаимозависимость между двумя поверхностями составляет описание соответствия формы, которое может помочь обнаружению дополнительной позы стыковки цели и молекул лиганда. В другом подходе нужно описать гидрофобные особенности белка, используя повороты в атомах главной цепи. Еще один подход должен использовать дескрипторную технику формы Фурье[5][6][7].

Симуляция

В этом подходе белок и лиганд отделены некоторым физическим расстоянием, и лиганд находит свое положение в активный сайт белка после определенного числа «шагов». Шаги включают преобразования твердого тела, такие как перемещение и вращение, а также внутренние изменения структуры лиганда включая угловые вращения. Каждый из этих шагов в пространстве изменяет полную энергичную оценку системы, и следовательно она вычисляется после каждого движения. Очевидное преимущество этого метода состоит в том, что это позволяет исследовать гибкость лиганда во время моделирования, тогда как методы взаимозависимости формы должны использовать некоторые другие методы, чтобы узнавать о гибкости лиганда. Другое преимущество состоит в том, что процесс физически ближе к тому, что происходит в действительности, когда белок и лиганд приближаются к друг другу после молекулярного распознавания. Неудобство этой техники — то, что она занимает время, чтобы оценить оптимальную позу закрепления, так как необходимо исследовать довольно большой энергетический пейзаж.

Программы для молекулярной стыковки

Существует много программ для теоретической стыковки белков. Большая часть работает по следующему принципу: один белок фиксируется в пространстве, а второй поворачивается вокруг него разнообразными способами. При этом, для каждой конфигурации поворотов производятся оценочные расчеты по оценочной функции. Оценочная функция основана на поверхностной комплементарности, электростатических взаимодействиях, Ван-дер-Ваальсовском отталкивании и так далее. Проблема при этом поиске в том, что вычисления по всему конфигурационному пространству требуют много времени на вычисления, редко приводя к единственному решению.[8]

Знания о предсказанной ориентации могут быть использованы для предсказания прочности комплекса или сродства связей между двумя молекулами с помощью использования отдельных вычислений.

  1. AutoDock (http://autodock.scripps.edu)
  2. FlexX (http://www.biosolveit.de/FlexX/)
  3. Dock (http://dock.compbio.ucsf.edu)
  4. Surflex (http://www.biopharmics.com, www.tripos.com)
  5. Fred (http://www.eyesopen.com/products/applications/fred.html)
  6. Gold (http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/life_sciences/gold/)
  7. PLANTS (http://www.tcd.uni-konstanz.de/research/plants.php)
  8. 3DPL (http://www.chemnavigator.com/cnc/products/3dpl.asp)
  9. Lead Finder (http://www.moltech.ru)
  10. Molegro Virtual Docker (http://www.molegro.com)
  11. ICM Pro (http://www.molsoft.com/icm_pro.html)
  12. Q-Pharm (http://www.q-pharm.com)
  13. Ligand fit, Libdock and CDocker (http://accelrys.com/services/training/life-science/StructureBasedDesignDescription.html)
  14. DockSearch (http://www.ibmc.msk.ru)
  15. eHiTS (http://www.simbiosys.ca/ehits/index.html)
  16. Glide (http://www.schrodinger.com/ProductDescription.php?mID=6&sID=6&cID=0)
  17. DockingShop (http://vis.lbl.gov/~scrivelli/Public/silvia_page/DockingShop.html)
  18. HADDOCK (http://www.nmr.chem.uu.nl/haddock/)

См. также

Примечания

  1. Meng EC, Shoichet BK, Kuntz ID (2004). «Automated docking with grid-based energy evaluation». Journal of Computational Chemistry 13 (4): 505–524. DOI:10.1002/jcc.540130412.
  2. Morris GM, Goodsell DS, Halliday RS, Huey R, Hart WE, Belew RK, Olson AJ (1998). «Automated docking using a Lamarckian genetic algorithm and an empirical binding free energy function». Journal of Computational Chemistry 19 (14): 1639–1662. DOI:10.1002/(SICI)1096-987X(19981115)19:14<1639::AID-JCC10>3.0.CO;2-B.
  3. Feig M, Onufriev A, Lee MS, Im W, Case DA, Brooks CL (2004). «Performance comparison of generalized born and Poisson methods in the calculation of electrostatic solvation energies for protein structures». Journal of Computational Chemistry 25 (2): 265–84. DOI:10.1002/jcc.10378. PMID 14648625.
  4. Shoichet BK, Kuntz ID, Bodian DL (2004). «Molecular docking using shape descriptors». Journal of Computational Chemistry 13 (3): 380–397. DOI:10.1002/jcc.540130311.
  5. Cai W, Shao X, Maigret B (January 2002). «Protein-ligand recognition using spherical harmonic molecular surfaces: towards a fast and efficient filter for large virtual throughput screening». J. Mol. Graph. Model. 20 (4): 313–28. DOI:10.1016/S1093-3263(01)00134-6. PMID 11858640.
  6. Morris RJ, Najmanovich RJ, Kahraman A, Thornton JM (May 2005). «Real spherical harmonic expansion coefficients as 3D shape descriptors for protein binding pocket and ligand comparisons». Bioinformatics 21 (10): 2347–55. DOI:10.1093/bioinformatics/bti337. PMID 15728116.
  7. Kahraman A, Morris RJ, Laskowski RA, Thornton JM (April 2007). «Shape variation in protein binding pockets and their ligands». J. Mol. Biol. 368 (1): 283–301. DOI:10.1016/j.jmb.2007.01.086. PMID 17337005.
  8. Cyril Dominguez, Rolf Boelens, and Alexandre M. J. J. Bonvin (2003). «HADDOCK: A Protein-Protein Docking Approach Based on Biochemical or Biophysical Information». J. AM. CHEM. SOC. 125: 1731-1737.

dic.academic.ru

Молекулярный докинг | Info-Farm.RU

Молекулярный докинг (или молекулярное стыковки) — это метод молекулярного моделирования, который позволяет предсказать наиболее выгодную для образования устойчивого комплекса ориентацию и положение одной молекулы по отношению к другой.

Общее описание

Молекулярный докинг — определение самой выгодной ориентации и размещения одних молекул относительно других. Осуществляется с помощью операции, при которой одну молекулу приближают к другой, непрерывно вычисляя энергию взаимодействия между ними при различных ориентациях и конформациях, постепенно устанавливая выгодную взаимную ориентацию. При вычислениях зачастую учитывают только кулоновские и вандерваальсови взаимодействия между атомами молекул.

Метод лежит в основе структурного дизайна лекарств. Исходной информацией для докинга служат трехмерные структуры белка (рецептора) и лиганда, конфирмацийна подвижность и взаиморасположение которых моделируется в процессе докинга. Результатом моделирования является конформация лиганда, которая наилучшим образом взаимодействует с белковым сайтом связывания.

Осуществляется с помощью операции, при которой одну молекулу приближают к другой, непрерывно вычисляя энергию взаимодействия между ними при различных ориентациях и конформациях, постепенно устанавливая выгодную взаимную ориентацию. При вычислениях зачастую учитывают только кулоновские и вандерваальсови взаимодействия между атомами молекул.

Знание оптимальной молекулярной ориентации может быть использовано для предсказания силы ассоциации или родства между двумя молекулами. Связь между биологически значимыми молекулами, такими как белки, нуклеиновые кислоты, углеводы, липиды играет центральную роль в передаче сигнала. Кроме того, относительная ориентация двух взаимодействующих партнеров может повлиять на тип сигнала (например, антагонизм против агонизму). Поэтому докинг может использоваться для прогнозирования силы и типа сигнала. Метод лежит в основе структурного дизайна лекарств.

Основные признаки молекулярного докинга

  1. В общем случае число молекул произвольное.
  2. Парный докинг — стыковка одной молекулы (лиганда) к другому (мишени).
  3. Моделирование дает только конечное состояние комплекса (ничего не известно о траектории образования комплекса).
  4. В процессе работы формируется большое число промежуточных вариантов надмолекуляних структур (комплексов).
  5. Выбор вариантов осуществляется произвольно.
  6. Как правило процедура не дает окончательного варианта структуры комплекса.

Определение проблемы молекулярного докинга

Изучение взаимодействия лигандов с соответствующими белками (рецепторами, ферментами) является одним из ключевых задач молекулярной биологии, биотехнологии и медицины, поскольку от его успешного решения зависит дальнейший прогресс в таких практически важных областях, как разработка новых лекарств, получение высокопроизводительных ферментов и т. Компьютерное моделирование межмолекулярных взаимодействий и носит название молекулярной докинг. Схематически идея докинга представлена ​​на рисунке.

Основная цель докинга — получение оптимальных (по установленным критериям) пространственных структур комплексов. Их анализ позволяет выявить участки "взаимного опознавания" молекул, определить движущие силы, которые способствуют связыванию. В результате появляется возможность целенаправленного воздействия на характеристики связывания путем модификации одной или нескольких взаимодействующих молекул — например, за счет введения точечных мутаций в белок, изменения физико — химических свойств лиганда и тому подобное. Как правило, при выполнении расчетов на систему накладывают определенные ограничения. Например, часто учитывают конформационную подвижность лиганда, то есть при исчислении и последующей минимизации полной энергии системы координаты атомов лиганда варьируют. Напротив, молекулу белка, как правило, считают неподвижной, или конформационно лабильной является лишь небольшая область сайта связывания с лигандом. Таким образом, в процессе докинга подвижный лиганд ориентируется относительно недвижимого белка-мишени. Взаимная пространственная ориентация лиганда и белка — мишени является основным результатом докинга. "Правильность" ориентации оценивается с помощью специальной оценочной функции, коррелирует с экспериментально определенной свободной энергией связывания лиганда. Основное назначение оценочной функции докинга — отображать свободную энергию связывания лиганда (ΔΔG), однако в силу целого ряда приближений, присущих задачей докинга, корреляция не всегда присутствует. Приведенная функция учитывает все попарные невалентных (Ван — дервальсови и электростатические) взаимодействия между атомами лиганда и между лигандом и белком.

Сферы применения

Комплексы таких биологически важных молекул, как белки, нуклеиновые кислоты, углеводы и липиды играют ключевую роль в передаче химического сигнала. К тому же, относительная ориентация двух взаимодействующих молекул может влиять на тип генерируемого сигнала (будет он ингибирующим или каталитическим). Поэтому докинг важен для предсказания как типа, так и силы произведенного сигнала.

Обычно докинг используют для решения следующих типовых задач:

  1. Подбор лигандов, наиболее эффективно взаимодействующих с исследуемым белком, путем последовательного перебора потенциальных кандидатов из баз данных низкомолекулярных соединений.
  2. Поиск в пространственной структуре исследуемого белка сайта связывания для определенного лиганда.
  3. Оптимизация активного сайта белка — мишени путем введения в него точечных мутаций, повышающих эффективность взаимодействия с определенным лигандом или классом лигандов.

В первом из перечисленных вариантов молекулярный докинг используют в процессе создания новых лекарственных препаратов. В вариантах 2 и 3 компьютерное моделирование позволяет оптимизировать свойства белка — мишени таким образом, чтобы добиться желаемого изменения параметров связывания его с нужными лигандами — например, повысить их сродство и / или специфичность, блокировать связывание и т.д.

Подходы к моделированию докинга

Существуют два подхода при моделировании докинга. Один подход использует технику соответствия, которая описывает белок и лиганд как дополнительные поверхности. Второй подход моделирует фактический процесс докинга, в котором исчисляются попарные энергии взаимодействия. В обоих подходах есть существенные преимущества, а также некоторые ограничения.

Взаимозависимость формы

Геометрическое соответствие (методы взаимозависимости формы) описывается для белка и лиганда как ряд особенностей, которые позволяют их докингуваты. Эти особенности могут включать как же молекулярную поверхность, так и описание дополнительных особенностей поверхности. В этом случае молекулярная поверхность рецептора описывается с точки зрения ее доступности площади поверхности для растворителя, а молекулярная поверхность лиганда описывается с точки зрения ее соответствия описания поверхности рецептора. Взаимозависимость между двумя поверхностями составляет описание соответствия формы, которая может помочь выявлению дополнительного положения докинга молекулы-мишени и молекул лиганда. В другом подходе нужно описать гидрофобные особенности белка, используя повороты в атомах главной цепи.

Симуляция

В этом подходе белок и лиганд отделены некоторыми физическим расстоянием, и лиганд находит нужное положение на активном сайте белка после определенного числа «шагов». Шаги включают преобразование твердого тела, такие как перемещение и вращение, а также внутренние изменения структуры лиганда включая угловые вращения. Каждый из этих шагов в пространстве меняет полную энергичную оценку системы, и следовательно она исчисляется после каждого движения. Очевидное преимущество этого метода заключается в том, что это позволяет исследовать гибкость лиганда при моделировании, тогда как методы взаимозависимости формы должны использовать некоторые другие методы, чтобы узнавать о гибкости лиганда. Другое преимущество заключается в том, что процесс физически ближе к тому, что происходит на самом деле, когда белок и лиганд приближаются к друг другу после молекулярного распознавания. Неудобство этой техники — то, что она занимает время, чтобы оценить оптимальную позу закрепления, так как необходимо исследовать достаточно большой энергетический пейзаж.

Программы для молекулярного докинга

Существует много программ для теоретического докинга белков. Большинство из них работает по следующему принципу: один белок фиксируется в пространстве, а второй поворачивается вокруг него различными способами. При этом, для каждой конфигурации поворотов проводятся оценочные расчеты по оценочным функциями. Оценочная функция основана на поверхностной комплементарности, электростатических взаимодействиях, Ван-дер-Ваальсовском отталкивании и так далее. Проблема при этом поиске в том, что вычисления по всему конфигурации пространства требуют много времени на вычисления, редко приводя к единому решению. Знание об ориентации могут быть использованы для предсказания прочности комплекса или родства связей между двумя молекулами с помощью использования отдельных вычислений.

Некоторые программы докинга:

DOCK

  • Используется алгоритм соответствия молекулярной формы, в версии 3.5 — жесткий докинг, начиная с версии 4.0 — лиганд гибкий, адаптированная для поиска лигандов в базах данных.

GOLD

  • Используется генетический алгоритм, лиганд гибкий.

FLEXX

  • Лиганд гибкий, есть возможность учета подвижности боковых радикалов аминокислотных остатков.

FRED

  • Жесткий докинг, но есть возможность генерации, отбора и использования конформеров. Очень быстрый.

AUTODOCK

  • Используется генетический алгоритм, лиганд гибкий.

DOCKINGSHOP

info-farm.ru

Что такое кросс-докинг

Благодаря успешному развитию экономической составляющей в России, а также положительной тенденции роста транспортной инфраструктуры, грузоперевозки в стране стали весьма прибыльными в плане ведения бизнеса. Но вследствие стремительно развивающейся экономики предприятия страны нуждаются в более оперативном способе доставки груза. Именно для этой цели в России, да и в других крупных странах для транспортировки груза стали применять систему кросс-докинг.

Как это работает

Кросс-докингом называют сквозное складирование. Например, на промежуточных пунктах перевозки товар нужно оставить на хранение, а вместо этого его оперативно переоформляют, успешно перегружают на другой транспорт и транспортируют в нужном направлении.

Этот способ транспортировки особенно актуален в пределах нашей страны, которая растянула свои границы на тысячи километров, и дорожная инфраструктура по своему качеству оставляет желать лучшего.

В связи с этим иногда приходится перевозить груз, при помощи нескольких видов транспорта. Это является более оптимальным вариантом, чем складирование груза, на перевалочных пунктах ожидая устранения какого либо эксцесса, который случился на пути следования.

Для кого актуален кросс-докинг

Конечно, стоить кросс-докинг будет дороже обычной перевозки, когда груз будет храниться на складах, ожидая возможности дальней транспортировки. Но как вы понимаете время - деньги, поэтому для тех грузов, которые нужно доставить максимально быстро это будет незаменимый вариант. Поэтому иногда лучше немного переплатить и быть уверенным в быстрой и качественной доставке груза в любую точку страны.

Такая оперативность особенно нужна для перевозки скоропортящихся товаров и продуктов, у которых относительно небольшой срок хранения, такие как рыба, мясо, птица, молочные продукты и яйца. Конечно, можно заморозить некоторые продукты и не думать о сроках доставки. Но сегодня покупатель имеет право выбора и скорее он выберет свежую продукцию, чем ту, которая прошла заморозку.

Учитывая всё вышесказанное можно подвести итог: кросс-докинг – это способ доставки продукции на дальние расстояния с сохранением качества и максимальной скоростью. Поэтому если вы боретесь за качество своей продукции, то лучше не прибегать к «псевдоэкономии», ведь она может привести к необоснованным потерям в связи с тем, что ваш товар станет неконкурентоспособным на рынке.

Оцените статью: Поделитесь с друзьями!

dispetcher-gruzoperevozok.info

Что такое кросс докинг: виды, предназначение.

14.10.2016

К одному из самых прогрессивных логистических методов относится технология кросс-докинга. Так называется способ транспортировки товара и цепочек поставок, при которых груз практически не хранится на складе. Это словосочетание буквально переводится, как прямая стыковка. Таким образом, доставка осуществляется в минимально короткие сроки.

Типы и особенности кросс докинга

Подобная транспортировка товара подразделяется на 2 вида:
одноэтапным кросс докингом называется логическая операция, когда поставщик привозит товар в точку на склад ответственного хранения, где груз сразу же перегружают в другой транспорт, а затем, отправляется к месту назначения;
к двухэтапному кросс докингу относят процедуры, проходящие в 2 этапа: сначала приемка груза, далее, досортировка его товаром от другого поставщика, и только после этого отправка к клиенту.

Общая кросс докинг схема состоит из следующих этапов:
1. Доставка на склад.
2. Перевалка (товар напрямую перегружается в другой транспорт и отвозиться по адресу).
3. Консолидация (доукомплектация партии другими товарами).
4. Расконсолидация (процесс обратный консолидации, когда груз рассортировывается по разным партиям).
5. Рациональное распределение товара по транспорту более подходящему для подготовленного груза.

Особенности организации складов по системе сквозного складирования

Система кросс докинг больше всего подходит для работы с товарами широкого постоянного спроса, которые поставляются в большом количестве. Поэтому все склады, работающие по данной схеме, обычно сотрудничают с широким количеством поставщиков и клиентов. Если вам необходимо сократить сроки поставки для отдельного магазина, то создание отдельного склада по этой системе нерационально. Собственная организация подобных схем транспортировки актуальна только при достаточно большом товарообороте и необходимости постоянных ежедневных поставок в рамках достаточно больших территорий. Кроме того, вам потребуется большой парк собственных машин разной грузоподъемностью и типом оборудования.

Если же вы пользуетесь услугами логистов, то такой способ доставки будет одним из самых дешевых. Для этих компаний разработка технологии кросс докинга для розничного магазина является одним из видов операций, входящая в цепочку слаженной работы большого склада.
Данный склад во многом отличается от обычных мест для хранения. Здесь важна большая пропускная способность, которая напрямую связана с общей свободной площадью для перемещения грузов по складу, а также количества воротных доков. Строительство таких зданий происходит в форме букв: П, Н, Т, L. Для классических складов большое значение имеет площадь для хранения товаров.
Современные логистические компании используют в своей работе разные инновационные решения, среди которых важны общая оптимизация, кросс докинг схемы и многие другие процессы. Главная задача всех эти процессов провести доставку и хранение груза в полном соответствии с требованиями клиента.

www.severtrans.ru

Преимущества кросс-докинга и сложности технологии – Склад и техника

Кросс-докинг

Денис Беневиз, операционный директор
по транспорту FM Logistic

В Москве не хватает платформы, которая позволяла бы осуществлять управление огромным грузопотоком. Увеличение спроса подталкивает участников рынка к активным действиям.

Кросс-докинг – довольно давняя концепция управления товарами и грузами. Но сейчас данная схема становится более актуальной: увеличение спроса и быстро развивающаяся география доставок побуждает рынок к открытию новых кросс-доков. Кроме того, поставщики и грузополучатели нуждаются в увеличении оборачиваемости складских запасов и доставке продукции в короткие сроки. Склады данного типа ориентированы на клиентов, которым необходимо иметь возможность отправлять небольшие заказы. Кросс-докинг обеспечивает гибкую систему управления и дает заказчикам возможность выходить на удаленные рынки, где транспортные расходы на прямые перевозки непомерно высоки, при одновременном сокращении затрат на перевозку и поддержании существующих объемов грузооборота перевозчика.

Острая нужда

На сегодняшний день в Москве не хватает платформ, которые позволяли бы осуществлять управление огромными грузопотоками, в связи с чем компания FM Logistic работает над созданием новых моделей кросс-доков с использованием облегченных конструкций, позволяющих открывать новые площадки в кратчайший срок. Кросс-док должен работать круглосуточно 7 дней в неделю и быть оснащен всеми необходимыми средствами информатизации (для отслеживания перемещения груза в транспортной сети). Это тот инструмент, насущную потребность в котором рынок испытывает в настоящее время.

Почему мы говорим сегодня о важности кросс-докинга? Потребность в данной технологии вызвана ростом потребительского спроса в сегменте FMCG и, как следствие, бурным развитием ретейла. Конечно, речь идет о Москве, С.-Петербурге и городах-миллионниках, где относительно давно присутствует сетевая торговля. Ретейл в мегаполисах вступил в стадию острой конкуренции, и фактор цены продукта на полке часто остается решающим при выборе потребителем места покупки. Очевидно, что оптимизация затрат играет при ценообразовании товара не последнюю роль, причем расходы на логистику в этой цепочке бывают высокими. Задача по их сокращению зачастую ложится на плечи оператора-партнера. А здесь уж «кто во что горазд»: приходится и «велосипед изобретать», и внедрять новые технологии, апробированные на более развитых рынках Европы и США, но удовлетворять все запросы клиентов.

Наличие x-dock в том или ином регионе, конечно, позволяет сокращать расходы на транспортировку сборных грузов и клиентам, и логистическим операторам, оптимизировать расходы, связанные с возвратом непринятого груза. Но, прежде всего, оно обеспечивает гибкость – позволяет отгружать любое количество товара в любое время, а также позволяет повысить качество доставки груза – точно в срок.

Преимущества кросс-докинга и сложности технологии

Операции кросс-докинга постоянно использовались при LTL-перевозках (доставке сборных грузов), при частых поставках, при перевозке малых партий грузов. Кросс-докинг обеспечивает высокую скорость оборачиваемости товара и позволяет осуществлять доставку небольших заказов в торговую сеть. Наиболее очевидными преимуществами являются предложение конкурентоспособных транспортных услуг, сокращение излишних товарных запасов и управление малыми объемами товара каждого клиента (благодаря консолидации мелких партий товара от различных поставщиков). Но главным достоинством кросс-докинга остается возможность охвата большой территории при доставке малых партий груза. При этом важно помнить, что для эффективного функционирования данного предложения требуется хорошо развитая сеть на всей территории распространения. Кроме того, для максимального использования потенциала кросс-докинга необходимо наличие большого числа кросс-доков (перегрузочных терминалов). В идеале на складской площади 5 тыс. м2 достаточно одной уравнительной платформы (максимальной высотой 6 м) с соответствующим количеством ворот (по девять с каждой стороны).

Ключ эффективности операций кросс-докинга – возможность гибкой адаптации – необходимо обеспечить функционирование в круглосуточном режиме 7 дней в неделю. Также нужно учитывать дополнительные финансовые и временные затраты на построение отлаженной системы кросс-докинга. Сроки запуска и размер инвестиций зависят прежде всего от размеров необходимой площади (м2), ее параметров, класса склада (наличие автомагистрали, железнодорожные подъездные пути, порт и т. д.). Стоимость операций напрямую зависит от количества обрабатываемого груза.

Кросс-докинг – логистическая технология, разработанная для того, чтобы товар от поставщика, производителя (завод, производство, агрохолдинг и т. д.) попал к потребителю наиболее быстро, минуя зону долговременного хранения на складе, с наименьшими затратами по его обработке.

Кросс-док (от англ. cross – напрямую, пересекать и dock – док, погрузочная платформа, стыковка) – перегрузочный терминал, элемент транспортной логистики. Это складское здание с высокой скоростью оборота, элемент, позволяющий оптимизировать количество задействованного грузового автотранспорта и консолидировать партии товара для отправки в другой регион оптимальным способом, а также для его местного распределения.

Недостаточно хорошая организация может привести к замедлению работы всей логистической цепочки. Для оптимизации расходов необходимо обеспечить хотя бы минимальную устойчивость транспортной сети, чтобы перегрузка товара происходила своевременно и товар доставлялся в назначенный день в назначенное время.

Передовиком по степени сложности в кросс-докинге является процесс организации соответствующего графика работы. Поскольку основная нагрузка ложится на транспортную сеть, залог ее эффективности – соблюдение графика. Работа сети по определению требует дисциплины, и это как раз тот элемент, который помогает выстроить четкую структуру взаимодействия всех участников процесса. Необходимость точно придерживаться назначенного времени отбытия груза при его перегрузке с одного кросс-дока на другой может играть против клиента. Так как при организации сборных доставок, когда в одном транспортном средстве могут ехать грузы до 30-ти клиентов, качество услуг зависит не только от уровня оператора, но и от соблюдения жестких рамок и правил всеми участниками цепи. Сборная доставка, как электричка, – никого не ждет.

На втором месте – простои при потере времени на выгрузке у ретейлера. Как уже отмечалось выше, залогом успешной работы является четкая и скоординированная деятельность всех участников процесса, а это подчас трудная задача, поскольку наш грузовой транспорт может простоять несколько дней в ожидании разгрузки на складе/ магазине грузополучателя.

Третья сложность – организация и контроль документооборота – могут стать значительным препятствием на пути повышения эффективности и дальнейшего развития. Например, при LTL-доставке водитель грузового транспортного средства должен обработать несколько коробок с документами, есть случаи, когда и при FTL-доставке документы оформляются на 200–300 заказов. Каждый документ необходимо подписать и учесть, причем столько раз, сколько груз будет переходить от одного водителя к другому, проходя через каждый x-dock, что сразу же приводит к замедлению процесса доставки и препятствует эффективному взаимодействию внутри треугольника «клиент–перевозчик–ретейлер».

Но стоит помнить, что при всех перечисленных сложностях кросс-докинг предоставляет клиентам возможность выхода на новые рынки при оптимизированных затратах на логистику.

Идеальный груз

Не все товары рекомендуется обрабатывать по системе кросс-докинга. Идеальными для данного вида являются продукты с высоким уровнем прогнозирования, которые пользуются повышенным спросом и имеют большой объем грузоперевозки. Речь идет о товарах народного потребления. Например, FM Logistic осуществляет поставки продуктов и товаров общего пользования (косметика, гигиена, бытовая химия, текстиль и др.) клиентов – крупных FMCG-компаний для всех ретейлеров. Это предполагает работу с ассортиментом с высокой оборачиваемостью, однако количество (объем) товара на пункт поставки может быть небольшим (1 палета). В таком случае возрастает ценность провайдеров логистических услуг для клиентов, поскольку логисты могут консолидировать товары от разных поставщиков и оптимизировать их перемещение по сети. Особенно это актуально для России: размер ее территории таков, что вопрос транспортных расходов встает наиболее остро. Поэтому клиенты, оперирующие небольшими партиями товара, крайне заинтересованы в данном предложении. И, напротив, при увеличении объемов клиенты предпочитают перейти к использованию FTL-перевозок, обеспечивающих прямую доставку значительных объемов груза.

Сборные грузы для нашей компании составляют примерно 45% от общего объема транспортных услуг. Данный сервис предлагается всем нашим клиентам, оперирующим небольшими объемами товара. В основном мы работаем с заказами среднего объема от 1,5 палет, что позволяет клиентам осуществлять своевременную доставку товара по всей России при оптимизированных транспортных расходах. В настоящий момент FM Logistic располагает 10-ю кросс-доками. В планах компании открывать ежегодно 4 новых терминала, что позволит еще лучше подготовиться к работе с клиентами из регионов и их пунктами доставки.

Мы также проводим основательную работу с клиентами, оперирующими крупными объемами товара, с целью помочь им лучше понять преимущества данного способа доставки. Эта работа требует времени, поскольку необходимо, чтобы произошли определенные изменения в их менталитете. По нашим прогнозам, ретейлеры будут стремиться к сокращению складских площадей в магазинах, и мы придем к JIT-системе поставок (точно в срок) в цепочке «склад–транспорт–магазин», а пополнение запасов будет осуществляться путем более частых поставок меньших объемов продукции. Это именно то, что предлагает LTL-услуга в сочетании с системой кросс-докинга.

Сложности

Товары, которые обрабатываются по системе кросс-докинга:

  • скоропортящиеся продукты, которым необходима срочная транспортировка;
  • высококачественные товары, проходящие строгую проверку состояния при получении;
  • продукция, снабженная ярлыком или этикеткой и готовая к продаже;
  • изделия для рекламных мероприятий и последующего продвижения;
  • товары, пользующиеся непрерывным спросом.

sitmag.ru

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *